Lingviestit ry:ssä ylintä päätösvaltaa käyttävät jäsenjärjestöjen edustajat yhdistyksen kokouksissa. Yhdistyksen kokous valitsee päivittäistä toimintaa tekemään hallituksen, joka pyritään kokoamaan mahdollisimman edustavasti jäsenjärjestöjen jäsenistä.