1. Suunnittelet proteiinin muokkaamista kohdennettua mutageneesiä käyttäen saadaksesi selville pientä ligandia sitovan proteiinin aktiivisen keskuksen sijainnin ja toiminnan. Miten ja miksi valitset ne aminohappotähteet, joita alat muokkaamaan?

2. Mutaatioiden toteuttamista varten valitset käyttöösi jonkin mutaatio-menetelmän. Minkä menetelmän arvelet soveltuvan käyttöösi parhaiten seuraavissa tapauksissa? Kerro myös lyhyesti kunkin käyttämäsi menetelmän pääpiirteet.

a) Mutatoitava aminohappo sijaitsee hyvin lähellä (1-10 ah) proteiinisi N- tai C- terminusta.

b) Haluat tehdä proteiiniisi insertion, joka koostuu kymmenestä aminohaposta. Lisäksi huomaat, että insertion kohdesekvenssissä on käyttökelpoisia restriktioentsyymien tunnistuskohtia insertiokohdan välittömassa läheisyydessä.

c) Mutatoitava aminohappo sijaitsee keskellä proteiinisi sekvenssiä (joka on vieläpä kohtuullisen pitkä).

d) Haluat toteuttaa useita mutaatioita kerralla ja mutatoitavat kohdat sijaitsevat erillään toisistaan, pitkin sekvenssin pituutta.

3. Jos haluat tuottaa rekombinanttista proteiinia hyönteissoluissa baculovirusten avulla – mitä teet?

4. Selitä seuraavat käsitteet ja kerro lyhyesti miten niitä voidaan hyödyntää baculovirus-tutkimuksessa:

a) GFP

b) gp64

Lue kysymykset huolellisesti ja vastaa vain siihen, mitä kysytään. Pyri lyhyisiin ja ytimekkäisiin vastauksiin!